Сигнали за лица и за вещи, въведени в НШИС, се съхраняват единствено за времето, необходимо за постигането на целите, за които са били въведени, при следните условия:
1. сигналите относно лица се съхраняват за срок от три години от датата на въвеждането на сигнала, а сигнали за дискретно наблюдение или специфичен контрол на лица – за една година след въвеждането им, като посочените срокове могат да бъдат подновявани;
2. сигналите за противозаконно отнети, присвоени или изгубени вещи, подлежащи на изземване, или вещи, издирвани с цел използване като доказателство в наказателното производство, се съхраняват за срок от десет години от датата на въвеждането им;
3. сигналите за целите на дискретно наблюдение или специфичен контрол на моторни превозни средства се съхраняват за срок от пет години от датата на въвеждането им.
Необходимостта от по-нататъшното съхранение на сигналите относно лица се преразглежда от органа, въвел сигнала, един месец преди изтичането на съответните срокове.
Сигналите в ШИС се заличават автоматично след посочения срок за съхранение в условията на отпаднала необходимост за по-нататъшното им съхранение.