На 9 Април 2013 г. Съвместният надзорен орган по Шенген прекрати своята дейност. От тази дата надзорът на защитата на личните данни на Шенгенската информационна система II (ШИС II) е отговорност на координирана структура на националните органи за защита на данните и Европейския надзорен орган по защита на данните.
Съвместният надзорен орган за Шенген (СНО) бе създаден съгласно чл. 115, ал.1 от Конвенцията въвеждаща Шенгенското споразумение със задача осъществяване на контрол върху централната секция на Шенгенската информационна система. Задачите му бяха следните:
· изразява становища в случай, че две страни не могат да постигнат съгласие по отношение на данните, съдържащи се в сигнал, който е вписан грешно или незаконно в системата. Договарящата страна, която не е регистрирала сигнала, е задължена да предостави случая за разглеждане от СНО (чл. 106, ал. 3 от Конвенцията);
· анализира проблеми, свързани с въвеждането и тълкуването, които могат да се появят във връзка с оперирането на ШИС;
· разглежда проблемите, които могат да възникнат по отношение на упражняването на независим контрол от националните органи на договарящите се страни;
· разглежда проблемите, които могат да се появят в резултат на упражняване на правото на достъп до данните в системата;
· изготвя хармонизирани предложения насочени към разрешаването на съществуващи проблеми;
· информира се относно специалните мерки за сигурност, предприети от всяка от договарящите се страните за прехвърляне на данни до органи или департаменти, извън територията на договарящите се страни (чл. 118, ал. 2 от Конвенцията);
· дава становища по молба на страните по проблеми, които възникват при прилагането и тълкуването на член 126 във връзка с автоматизираната обработка на лични данни, които се предават извън ШИС за целите на прилагането на Конвенция(чл. 126, ал. 3, т.Е);
· може в зависимост от условията и изискванията на член 126, да предоставя становище относно предаването на данни от и включването им в неавтоматизирана база данни (член 127, ал.1 от Конвенцията).