Сигнали за лица и за вещи, въведени в НШИС, се съхраняват единствено за времето, необходимо за постигането на целите, за които са били въведени, до изтичане на следните срокове:
1. сигналите относно лица се съхраняват за срок до три години от датата на въвеждането на сигнала, а сигнали за дискретно наблюдение или специфичен контрол на лица – до една година след въвеждането им;
2. сигналите за вещи, издирвани с цел изземване или използване като доказателство в наказателно производство,се съхраняват за срок до десет години от датата на въвеждането им;
3. сигналите за превозни средства, кораби, въздухоплавателни средства и контейнери за целите на специфичен контрол и дискретно наблюдение въз основа на постъпило искане от компетентните органи за защита на националната сигурност, опазване на обществения ред или съдебен орган,се съхраняват за срок до пет години от датата на въвеждането им.
Сроковете на съхранение на сигналите могат да бъдат продължавани, в случай че това е необходимо за постигане на целите, за които е въведен сигналът. Необходимостта от по-нататъшното съхранение на сигналите относно лица се преразглежда от органа, въвел сигнала, един месец преди изтичането на сроковете.
Националната Шенгенска информационна система поддържа информация за броя на сигналите, чийто срок за съхранение е бил продължен.
Сигналите се заличават автоматично след посочения срок за съхранение в условията на отпаднала необходимост за по-нататъшното им съхранение
