Обработването на данните в Националната визова информационна система на Република България и ВИС на ЕС (след присъединяването на България към Шенгенското пространство) се осъществява в съответствие със Закона за защита на личните данни, подзаконовите актове за прилагането му и Регламент№767 от 2008г. на Европейския парламент и на Съвета относно ВИС и обмена на данни между държави членки относно визите за краткосрочно пребиваване.
Контрол за законосъобразност на обработването на личните данни в Националната визова информационна система на Република България и ВИС на ЕС, защитата на правата на физическите лица при обработване на личните им данни, както и осъществяването на достъп до тези данни се упражнява от Комисията за защита на личните данни при условията и по реда, определени със Закона за защита на личните данни. За изпълнението на своите контролни функции, Комисията извършва проверки относно извършваните дейности от оправомощените органи във връзка с достъпа до НВИС и ВИС на ЕС, включително списъците и профилите на надлежно оправомощените служители, управлението и мерките за достъпа, отговорността за законното обработване на данните и тяхното съхранение съгласно чл.41, параграф5 от Регламент№767 от 2008г. на Европейския парламент и на Съвета.