КЗЛД е единственият постоянно действащ орган в Република България, който съгласно ЗЗЛД осъществява контрол върху законосъобразното обработване на лични данни. След присъединяването на Република България към Шенгенското пространство Комисията ще бъде и контролен орган, който отговаря при спазване на националното законодателство за извършването на независим контрол на информацията от националната част от Шенгенската информационна система и проверява дали обработката и използването на въведените в Шенгенската информационна система данни не нарушават правата на субекта на данните.
Контролът върху обработването на лични данни, вкл. на данни в НШИС, КЗЛД осъществява чрез :
1. извършване на предварителни текущи и последващи проверки на администратори на лични данни;
2. разглеждане на жалби на физически лица за нарушени права.
3. издаване на задължителни предписания до администраторите на лични данни във връзка със защитата на личните данни;
4. налагане на временнна забрана за обработване на лични данни (след предварително уведомяване)
