Считано от 14.05.2020 г. в КЗЛД е създадена организация, гарантираща непрекъсваемост на работата на институцията в условията на пандемията от COVID-19. Организацията кореспондира с всички решения на Министерския съвет във връзка с епидемичната обстановка и съответните противоепидемични мерки, последното от които е от 25.11.2021г.
По отношение на пропускателния контрол се предприемат следните мерки: охраната замерва телесната температура на всеки служител на КЗЛД и всеки посетител на сградата на КЗЛД (като напр. доставчици, куриери, участници в административни производства и други граждани-искатели на административни услуги на КЗЛД) и пропуска само лица, които нямат повишена телесна температура и нямат проява на остри респираторни болести (кашлица, хрема и др.). Осигурени са дезинфектанти, ръкавици и калцуни за всички посетители. В сградата на КЗЛД не се допускатвъншни посетители, които не носят маски. Допускането в сградата става само след като маската е поставена на лицето на външния посетител, извършена е дезинфекция на ръцете и са поставени ръкавици и калцуни. При влизането в сградата следва се спазват изискванията за недопускане на струпване на хора и спазването на дистанция от най-малко 1,5м.
Асансьорът може да се използва едновременно от не повече от две лица, носещи лични предпазни средства– маски.
При непосредствен контакт между служителите, както и между тях и външни посетители (обективна невъзможност за спазване на дистанция от поне 1,5м., напр. при използване на стълбището в сградата, при ползване на асансьора), използването на маска за лице или предпазен шлем е задължително.
Да се избягва предаването на документи от ръка на ръка. Документи да се поставят на съответните за това места (напр. заседателна маса, на бюро, стол и др.), на максимално възможно разстояние от съответния друг (стоящ близо) човек при спазване на изискванията за дистанция от най-малко 1,5м.
Присъствието на страните по административните производства в откритите заседания на КЗЛД не е задължително.
Откритите заседания на Комисията се провеждат при спазване на въведените в страната противоепидемични мерки. Гражданите и организациите, страни в административните производства, които искат да присъстват на откритите заседания на КЗЛД, изчакват пред сградата. Гражданите и представителите на организациите се допускат в заседателната зала или в приемната на КЗЛД, в която се осигурява видеоконферентна връзка, по преценка на Комисията, с оглед заболеваемостта в страната. Влизането в сградата и допускането в заседателната зала или приемната, според взетото решение на Комисията, се извършва след повикване от служител на КЗЛД, съобразно дневния ред на заседанието на Комисията за съответния ден. Когато метеорологичните условия не позволяват изчакване на открито, гражданите могат да бъдат допускани във фоайето на сградата, при спазване на всички посочени по-горе противоепидемични мерки, където изчакват да бъдат повикани от служител на КЗЛД в заседателната зала или в приемната.
Извън описаните мерки, всички служители на КЗЛД и граждани, които са на територията на КЗЛД, следва да спазват стриктно и всички заповеди на министъра на здравеопазването, свързани с въведената на територията на страната извънредна епидемична обстановка, чиито предмет е относим към организацията на работа на КЗЛД и предоставяните от нея административни услуги.